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マフィアは秘密犯罪組織なため、内情や構成などは沈黙の掟(オルメタ)により長らく明かされることは無かったが、1963年にコーサ・ノストラの中堅幹部により内情が明かされた。
コーサ・ノストラを例にするが、この組織もイタリアが起源な為、同じと見て問題は無いと思われる。


各組織はファミリー、トップはボス(ドン)と呼ばれる。「ゴッドファーザー」は敬称。
本来はカトリック洗礼時の代父（名付け親）の事であるが、代父・代母はカトリックでは重要視され、子供の後見人となる事を意味する。その為、マフィアのボスに名付け親となってもらい、庇護してもらう代わりに協力を惜しまかったという歴史的背景があった為、敬称になったと思われる。

 パワーバランスはピラミッド型であり、ボスの下にアンダーボスをトップとした複数のカポ・レジーム(幹部、カポ、キャプテン)。カポの率いる二次組織が有る。
構成員(ソルジャー)はこの二次組織(英語では"Crew"と呼ばれる事が多いらしい)に所属する。

アンダーボスは実質的なNO.2で、格別の権限がある。(暴力団の若頭に相当)
最終決定権はボスに有るが、その決定を実行の指揮を請け負う為に業務内容は多岐に渡り、その職務は激務とも言われる。
原作中、獄寺がの言う“右腕”とは、この役職の事と思われる。
アンダーボスは格別の権限が有る為、反逆の可能性も成功率も高い。その為人事配置には気を使う役職だが、犬的気質(主には絶対服従)の獄寺にはピッタリだろう｡

この他に顧問(コンシリエーレ)と呼ばれる役職があり、顧問は通常カポレジーム越しにしかボスやアンダーボスと接触できない構成員が、カポ・レジームとの問題を直接相談できるようにと儲けられた役職。
家光パパのお仕事とは少し違うようです。

ファミリーの構成は以上で、基本的に１都市に１ファミリー。
少数精鋭主義で、正式構成員(マフィオソー)の人数は、大くとも100人程度。通常は50～60人程度だが、その数倍以上の準構成員が居るとのこと。

また、賄賂等により政治家や経済界との結びつきも強い。