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“マフィア”の語源には諸説あるが、有力なのはアラビア語で採石場を意味するマーハ(mafie)、空威張りを意味するマヒアス(mahis)から由来したという説であるシチリア島は11世紀までイスラム教(アラビア人)に支配されており、反抗した者や犯罪者がしばしば採石場に逃げ込み根城にしたためであろう。
文献に現れるようになるのは17世紀頃からで、19世紀までマフィアという言葉は「勇敢」「美しさ」「男らしさ」等の肯定的な意味で使用されていた。
現在のような秘密犯罪組織を意味するようになったのは19世紀以降からである。
この他に“シチリアの晩鐘”と言われる、1282年フランス占領下のシチリア島で地元の女性がフランス兵に暴行を受け、これに怒った住民がフランス兵を殺害し「Ｍorte alla Ｆransia Italia ａnela!(フランス人に死を、これがイタリアの叫びだ！) 」と抗議を上げた逸話による話も有名だが、イタリア語として不自然な為、後に創作された俗説である。

マフィアの起源は古く、シチリアの外国支配に対する抵抗組織が犯罪集団化したと言われるが定説はない。
もっとも一般的なのは19世紀初頭、ナポレオン軍に追われたナポリ王室がこの島に逃げ込み、その王室の庇護のもとで島内の警察権を与えられた者が秘密組織を作った、と言うのが契機であるという説である。マフィアの影響はイタリア社会の隅々にまで浸透していった。
イタリア人のアメリカ大陸への移民が増えるにつれて、アメリカ大陸にも流入して同様の犯罪結社が出来、定着していった。
このまま繁栄するように思われたが、1920年代にファシスト政権によって徹底的な弾圧により、壊滅的な打撃を受けて衰退した。
しかし、第二次世界大戦中にアメリカ政府が対伊攻略に、移民してきた在米イタリア系マフィア(1920年に制定させた禁酒法で、密造酒・密輸入によりかなりの利益を上げ、地盤を固めていた)を利用した事によって、逆輸入される形で再建され、現在の形に至っている。
２００年以上の長い歴史をもち､今ではイタリアの政治経済に深く食い込み、その権力は強大である。

因みに、イタリアとアメリカのマフィアはシチリアを源流とする者として、交流があると思われるが、世代交代や時代の移り変わりと共に、今ではその関係は薄くなっていると予測される。